В промежуточной базе в универсальных механизмах можно по поиску найти "SendMessage" 

Например при успешной записи документа будет отправлено сообщение

Пример - http://prntscr.com/fv4hgl

В промежуточной базе закомментируйте отправку сообщений. Найдете самостоятельно в коде или пример прислать?

http://prntscr.com/fv3dib
Всплывающие сообщения - перевести в значения "нет".

В менеджере баз выберите базу и откройте клиент для ПК, скрин - http://prntscr.com/fv3csd

Такое могло произойти при:

- обновлении драйвера(настройки на типовые сбрасываются)

- Одновременно работали и в панели управления и в промежуточной базе 1С(сохранили изменения сначала в одном месте, и не обновив данные сохранили в другом)

- Либо файл Cleverence.Warehouse.ServerEvents.xml был поврежден.

А можете проверить без сообщения - отключив сообщения в конфигурации?

Хорошо, данные о подключении и примерное время лучше прислать на support@cleverence.ru и ссылку на эту ветку форума. Время подключения согласуем.

"Вроде на предыдущей версии MS такого не было"

С ценами у вас начались проблемы после обновления Машазин15?

Добрый день,

В панели управления проверьте у вас "события сервера" проставлены?