Зайдите в обработке загрузки документов в настройки - пересчета товаров.
В верхней части формы проставьте  флаги напротив нужных реквизитов для поиска в табличной части, наименование и упаковку, если используются, то характеристики и\или серии, установите флаги и там.
В нижней части формы проставьте:
КоличествоФакт=КоличествоФакт
КоличествоУпаковокФакт=КоличествоФакт
При загрузке документа не очищайте табличную часть.

А в настройках загрузки у вас установлено - очищать табличную часть перед загрузкой?

папку MobileSMARTS с ТСД целиком пришлите с этим документом.

Добрый день,

Скрины можете прислать документа До загрузки и После загрузки.

"в 1с очищается таб часть и => удаляется количество по факту." - у вас в документе предварительно количество факт уже проставлено? Для чего? количество факт должно быть "не определено", именно оно и грузится с ТСД, предварительно оно в 1С неизвестно.

Тему закрываем? Все вопросы решены?

Проблема выявлена на ПК в утилите терминального обмена. Заявка заведена разработчикам, и будет исправлена. Как только исправление появится выложим тут.

И он не появился в этой папке

Ну как же не появился - два файла, d_ - это шапка документа и просто файл с названием - это сам документ. На вашем скрине это видно.

Именно в этой папке. Но сейчас этого документа там нет.

не совсем понял вопроса...

Файл документа находится в папке документов на ТСД и только в одном месте. Если вы сделали с ПК обмен и при этом файл обрезался, а на ТСД не сохранился - все файл удален. 

Если документ сконвертировали, то он уже обрезался до  3 строк.(в утилите есть настройка Не удалять завершенные документы).