Разделение по пользователям есть. Пользователю можно назначать конкретный документ, но не строки из документа.

Возможно не совпадают пользователь ТСД и пользователь который указан в документе, либо не тот тип документа. Проверьте.

Модель ТСД Datalogic Scorpio, установлены все последние версии.

А как на ТСД при сканировании он выглядит? цифры те же? Проверьте в файле номенклатуры нет ли пробелов в ШК. Попробуйте не сканировать, а ввести вручную с клавиатуры - найдется?

2. на sd-карте справочник занимает при этом 287 mb. больше всего весит файл products.trie.3 - 267mb

Такого быть не должно.
Возможно нестандартная структура справочника, либо в момент выгрузки происходит ошибка.
Проверьте с последней версией драйвера на типовой 1С.
Если ошибка повториться пришлите на support@cleverence.ru
Какой продукт?(батч,wi-fi,PROF, MS как платформа…)
Какая версия/как давно обновляли?
Версия операционной системы/разрядность ПК?
Версия 1С? Конфигурация? Дописанная или типовая? База файловая или серверная?
Модель ТСД? Установлена ли на ТСД флеш карта?
Версия операционной системы ТСД?
Если есть логи ошибок пришлите(На тсд в папке MobileSmarts файл errors.log, на ПК: для Win 7/Seven/Vista C:\ProgramData\Cleverence\Logs. для Win XP С:\Documents and Settings\All Users\Application Data\Cleverence\Logs)

Как быть?

Товар определяется по id.(productid и Packingid)
Для чего вам

а мне нужно чтобы идентификация была по штрих-коду

?

Прошу прощения за неверно указаную информацию в первом посте

Это правильный EAN128 для поиска данного товара в 1С у вас должен быть ШК 3600530164165 что бы товар нашелся.
Более подробно тут http://www.cleverence.ru/site.aspx?page=WarehouseBarcoding-01

При сканировании code 39 например такого штрих кода 010360052004096720001016JO00 заменяет буквы на цифры и соответственно не находит такой товар в номенклатуре. Как быть?

Модель ТСД?
Фото самого ШК?
В ТСД есть штатное приложение которое сканирует ШК показывает его содержимое и кодировку - с помощью такого приложения отсканируйте и проверьте те ли символы закодированы именно в самом ШК.

В коде платформы прописано что по умолчанию прибавляется к сканированной позиции еще одна(исключения составляют весовые ШК и ШК разбирающиеся по шаблонам). Самостоятельно это никак не изменить.
Если при считывании ШК у вас возникают какие либо проблемы пишите на support@cleverence.ru

если да в каком направлении копать?

Возможно есть на просторах интернета софт для переназначения клавиш под WinMobile

Хм и как включить экранную клавиатуру если в полно экранном режиме работаешь?

Только отключив полноэкранный режим.