Добрый день!
Мы тоже столнулись с проблемой замещения файла с номенклатурой. Выгружаем номенклатуру из 1С, заходим в ТСД - просмотр списка. Все ок. Отображается то что выгрузили. Перезаходим в мобильное приложение, оно начинает автоматически проводить обмен с сервером, и подгружается номенклатура из "заводских" настроек (вентиляторы, якобс и.т.д).

Версия драйвера wifi. Но сейчас идет этап разработки (пишем конфигурацию на ТСД с нуля), и wifi не используем.
Версия драйвера 2.6.7.10
В конфигурации в группе пользователей: "Автономная работа" - галочка стоит, "Справочник номенклатуры на сервере" - галочка не стоит.
Конфигурация 1С УПП 1.1.5.5. В настройках ТСД в 1С указано: праметры подключения - тип связи - "через папку".

в файлике MobileSMARTS.exe.config указано Application Data\MobileSMARTS Documents, именно туда заливается файлик с номенклатурой после выгрузки из 1С, но перезатирается после повторного запуска клиента на ТСД.

Еще, иногда после выгрузки номенклатуры из 1С в ТСД - на ТСД загружается заводская конфигурация клиента, а не та, которую мы грузили на ТСД ранее.

Помогите пожалуйста. У нас горят сроки разработки, а разобраться в причине не можем.
(Добавление)
Немного проясняется ситуация.

Когда загружаем собственную конфигурацию на ТСД, где то в ТСД запоминается что тип связи - через wifi. Тогда мы заходим в 1С и говорим в параметрах терминала - через папку. В этом случае номенклатура не замещается, но загружается стоковая конфигурация.

Замкнутый круг.
(Добавление)
Все разобрались вроде:

1. нужно в параметрах терминала везде где только можно указывать - подключение через wifi.
2. очистить в папке сервера все что раньше там хранилось - а именно файлик с содержанием номенклатуры