1. Изменили название характеристики в 1С. После изменения регулярно выгружали. Характеристики в свежих документах отражаются нормально, а в отсканированных до переименования не видна, так как у вас почему то на сервере хранится наименование характеристики, а при загрузке (судя по коду) в один момент сравнивается наименование характеристики полученное запросом по штрихкоду, с тем, что сохранено в документе на сервере. И в случае расхождения - характеристика не учитывается вообще. 

2. "Вопрос: зачем тогда вообще считывать и хранить штрихкоды" - это вообще то сарказм. Подразумевалось что Штрихкод должен быть главным и неизменным элементом, который связывает считанную номенклатуру с номенклатурой в 1С. Но уж никак не наименование. Могу привести подтверждающие скриншоты  всего что я написал.

Немного разобрались. На ТСД выгрузили номенклатуру с характеристиками. Считали, сохранили на сервер, загрузили в документы. Спустя некоторое время изменили название характеристики, и с этого момента сервер не видит!!!!! эту характерстику, Загружает как будто с пустой, и сворачивает на первую считанную данную номенклатуру. Вопрос: зачем тогда вообще считывать и хранить штрихкоды???? Именно они по умолчанию являются неизменными, но уж никак не наименование!!!