Связывался по телефону с техподдержкой.
Если кто не знает:
Данные лежат в каталоге базы данных (зависит от того куда указали путь при установке) файл называется: Cleverence.Warehouse.ProductsBook.xml.

В текущем случае в обработке настройки префикс весового штрихкода не указан - и обработка выгрузки считает, что товар весовой и выгружает код, дополненный нулями слева.
Т.е. для решения проблемы нужно было установить префикс весового штрихкода в обработке настройки терминала.

По второму вопросу причина выяснилась.
В настройках сканера на терминале стоял суффикс - перенос строки. При считывании штрихкода он в базе искал штрихкод+символ переноса каретки, на терминале, когда выдавалось сообщение об ошибке - это было непонятно.
После отключения суффикса стал находить корректно.