Все разобрался. В настройках самой конфигурации, было выключено "Использование всплывающих сообщений".
Тогда еще вопрос: в списке Действий есть действие "Выбор Да Нет", которое выводит окно сообщения. А можно ли вывести сообщение с одной кнопкой "ОК". Просто нужно, что бы появлялось сообщение и не закрывалось само, пока пользователь не подтвердит/закроет его. Можно конечно и "Да Нет" использовать и на обе кнопки повесить одинаковый переход, но выглядит это не совсем правильно.