Проблема решена. На ТСД было создано несколько баз, активна была база, отличная от той, что создана на сервере.

При настройке базы в Mobile SMARTS среди режимов работы доступен только режим "Прямое подключение к устройству". "Прямую работу с папкой (RDP режим)" выбрать невозможно. Как исправить?

Утилита также новая, из платформы MS. Синхронизация проходит без сообщений об ошибках (есть сообщения о выгрузке и загрузке документов).