результат отбора документов

Эти списки легко могут отличаться.

Обратите внимание, что:

1. для ТСД фильтр идет еще и по пользователю ТСД (кладовщики, если их несколько), некоторые документы могут не попасть в отбор
2. на ТСД, помимо отобранных 1С, будут отображаться еще и собственные документы ТСД (которые были созданы на нём) руками, а также еще и серверные документы (которые когда-то были выгружены на сервер под этого пользователя)

Скорее всего у нас вторая ситуация, и выгружаются документы которые на сервере были выгружены. Где возможно очистить документы сервера, чтобы все выгрузилось заново?

Спасибо.

Запускаете панель управления, там узел Данные\Документы двойной клик и редактируете, что нужно.