Вопрос решился следующим образом:
Был настроен онлайн обмен при установке MS. При подключении MS к 1с - интеграционная компонента 1с была неактуальной версии. Видимо в этот момент "пролезли" файлы неверного формата  на ТСД. Интеграционную компоненту обновил, однако файлы так и не открывались.
Достаточно было просто выгрузить из 1С свежую пачку документов, в 1с запустить интеграционную обработку. И из нее "отправить/получить/обновить"